Продолжающаяся пандемия не позволила популярным ранее заграничным курортным направлениям вернуться в 2021 году в расписание аэропорта, что свело к минимуму международные перевозки. При этом на внутренних линиях наблюдался значительный рост пассажиропотока. По сравнению с 2019 годом он вырос в полтора раза.
В 2021 году из аэропорта Благовещенска регулярные рейсы выполняли 7 авиакомпаний. Большую часть пассажиров перевезли «Уральские авиалинии», S7 и ИрАэро. Пассажирам были доступны 35 направлений полетов. Пятерку наиболее популярных из них помимо Москвы составили Новосибирск, Красноярск, Екатеринбург, Хабаровск и Владивосток. За время пандемии региональная программа из Благовещенска пополнилась такими направлениями как Магадан, Петропавловск-Камчатский.